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La fauna en la reserva aún representan las poblaciones viables de mamíferos que son raras o en extinción en las zonas más pobladas. EcoCiencia identificaron 48 especies de mamíferos en el inventario de dos semanas en 1997, pero los números son mucho más altos - en especial si se incluye a los murciélagos.

Entre las 48 especies registradas en el inventario fueron (el número entre paréntesis es el número de especies diferentes): zarigüeyas (2), el oso hormiguero (1), perezosos (2), armadillos (3), murciélagos (17), monos (3 ), ardillas (3), jochi (2), pecaríes (2), venados (2), perro de monte, coatí, Neo-nutria tropical, el ocelote, turones, kinkayu, cola espesa, lapa, conejo de Brasil.

Vea lista de mamíferos aquí (PDF 0.5 MB)

Aunque muchos de los grandes monos, tapires y jaguares son muy raro ausente debido a la presión de caza, ha habido avistamientos regulares (2004-2009) de pumas, monos aulladores, monos saki, el mono tití, monos nocturnos, estos ultimos, ardillas, blanco los pecaríes de collar y, ocelotes, gatos tigrillo, perezosos, osos hormigueros, armadillos, coatíes, jochi, pacas, las nutrias.

Muchos de los mamíferos también se celebran con frecuencia como mascotas. Las mascotas suelen ser cachorros huérfanos cuando matar a la madre durante la caza. Esta es una vieja tradición y una manera de los niños a conocer mejor la especie. El impacto de la utilización doméstica entre las comunidades indígenas es muy bajo en las poblaciones. Sin embargo, el comercio ilegal de mascotas en la Amazonía en general, es una amenaza constante para muchas especies.