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El fundador principal de FUNDECOIPA, Ernesto Vargas, nació en una pequeña isla en la orilla occidental del río Pastaza en 1949. Ernesto se quedó huérfana a la edad de los 5 años y recibió una educación tradicional Shuar por su madre y padrastro.

A la edad de 18 años, Ernesto se mudó de la casa y encontró una parcela de tierra en la orilla oriental del río Pastaza dónde podía crear su propio familia. Poco después se casó con su esposa Juana Moya y juntos se mudaron a la ubicación actual de Arútam, cuando los ingenieros comenzaron a hacer las mediciones para la carretera entre Puyo y Macas. En Arútam llevaron una vida tradicional Shuar y ganaron dinero produciendo naranjillas y ganado. Más tarde, Ernesto también tomó una segunda esposa y juntos crearon una gran familia.

(Ernesto Vargas junto con su esposa Juana y voluntarios en el bosque)

En 1994, Ernesto se dejo convencer de que su propiedad podría convertirse en un bosque protector tras las conversaciones con Sebastián Moya, que en ese momento era miembro de la Fundación Yawa Jee.

Inmediatamente después Ernesto comenzó a hacer los tramites necesarios y el 20 de enero de 1995 el Ministerio de Medio Ambiente (entonces INEFAN) publicó la Resolución No. 013 que declaró la propiedad de Ernesto Vargas como bosque protector - Bosque Protector Arútam.

Por el Convenio sobre la Diversidad Biológica, Bosque Protector Arútam llegó a ser parte de un proyecto denominado "Fortalecimiento de Áreas Protegidas en la Región Amazónica del Ecuador". El proyecto gestionado por la Fundación Jee Yawa y financiado por la GTZ (Agencia Alemana para el Desarrollo).

Los objetivos del proyecto eran la elaboración de planes de manejo y apoyar a establecer estructuras administrativas en las áreas protegidas y mejoramiento de las actividades de ecoturismo existentes.

Como parte del proyecto se recolectaron datos sobre la flora y la fauna, el uso de la tierra y la identificación de zonas con especial necesidad de protección. Con el fin de fortalecer las estructuras administrativas, también se dieron asesoramiento para las organización y ofrecieron procesos de consulta para crear participación de todos los miembros de la comunidad.

Además, en ese tiempo, Yawa Jee administraba de una agencia de ecoturismo. Las actividades de la agencia se ampliaron a incluir la comunidad Arútam. También se hicieron talleres para capacitar al personal y planes para las inversiones necesarias en las diferentes comunidades.

Lamentablemente, el proyecto se cayó víctima por la corrupción de los socios de Yawa Jee. Por tal razón, Ernesto se retiró del proyecto. Sin embargo, Ernesto, junto con sus esposas e hijos, se revivieron las actividades de turismo en pequeña escala poco después – ahora de su propia manera en el Bosque Protector Arútam. Comenzaron a desarrollar pequeños proyectos sostenibles para crear desarrollo económico en Comunidad y preservar la selva.

Al principio las familias con frecuencia se enfrentaron a dificultades para realizar los proyectos por falta de recursos económicos. El objetivo era mejorar la atención y servicio para los turistas y visitantes y para eso se necesitaba dinero. Esto resultó en un proceso de buscar apoyo de instituciones públicas y privadas en Ecuador y a nivel internacional. Pero resultó ser difícil acceder fondos para proyectos cómo no estaban organizado en una institución legal o ONG.

No obstante, en 2002, la comunidad Arútam logró firmar un convenio con una pequeña ONG de Alemania llamada Schutzwald-EV. El objetivo del convenio era desarrollar las ideas del ecoturismo y la conservación a través del apoyo de voluntarios de Alemania y un profesor de Inglés para estar permanente en la comunidad.

En 2004 Soren Brondum, que era un voluntario en un proyecto  vecino, visitó el Bosque Protector de Arútam con el fin de hacer un estudio del ahuano (Swietenia macrophylla). Soren quedó fascinado por la cantidad de bosque primario todavía intacto y impresionado por las ideas de conservación en la comunidad. Se quedaron de acuerdo de que Soren ayudara a elaborar una página web y juntos desarrollar el programa de voluntarios más.

El programa de voluntariado empezó a crecer el año siguiente. Pero los miembros de Arútam empezaron a analizar y reflexionar sobre su situación y los sueños de mejorar los servicios y atención a los turistas – en especialmente como generar proyectos autosustentables. Por lo tanto, en julio de 2005 los miembros de la comunidad Shuar Arútam (padre, esposa, hijos e hijas y Soren) se decidieron a crear su propio organización. Eso resultó en la constitución de FUNDECOIPA el 9 de noviembre de 2005 con el Acuerdo Ministerial 403 DP-MBS-P.